Au centre de la cité se trouvait la Citadelle (Ark), résidence traditionnelle du seigneur de la ville jusqu’en 1920, année où fut détrôné le dernier émir.

Les murs massifs et les hautes tours protègent encore le palais avec ses dépendances, la cave du Trésor, la mosquée, les casernes, l’Hôtel des monnaies et la prison. La citadelle a été construite au cours des VIème-VIIème siècles.

Située sur la place du Réghistan, c’est là qu’avaient lieu les châtiments corporels dont la fameuse épreuve des 72 coups de bâton. L’aspect actuel de la citadelle date du XVIème siècle.

Avec ses constructions et ses fortifications, elle couvre 34.675 mètres carrés. Aujourd’hui entièrement restaurée, elle abrite le Musée d’histoire et d’ethnographie. On peut voir à la section des arts locaux des pièces conçues par les artisans du lieu qui ont rendu Boukhara célèbre dans le monde entier. On a gardé telles quelles la prison (le Zindan) et la Salle du Trône au palais.

A l’entrée, pendait un fouet en cuir, symbole du pouvoir illimité de l’Émir. A la sortie à gauche, une grande cour: la Salle des Couronnements où se déroulaient les réceptions des ambassades étrangères et le couronnement des Émirs. Il ne reste que la cour pavée, le trône de marbre de l’Émir et une partie de l’auvent monté sur colonnes de bois.

En remontant la rampe, on trouve sur la droite, les caves où étaient conservés les tapis, puis des salons, des chambres, des pièces affectées aux prisonniers de marque placés sous haute surveillance.
La porte de l’Ark donne sur la Place du Réghistan qui a été tracée aux IXème-Xème siècles, c’est-à-dire à l’époque des Samanides.

Son architecture est typique des places urbaines de l’époque: au centre des pièces d’eau (haouz) entourées d’arbres, sur le pourtour, les palais des nobles de la ville. Dans la partie ouest du Réghistan, en face de la citadelle, se sont conservés des vestiges d’un ensemble du genre. C’est Bala-haouz qui comprend un bassin, un minaret et une mosquée dont la colonnade de bois a été ajoutée au XXème siècle.